1、肛周脓：肛周脓肿自行溃破或切开引流后造成。
2、直肠肛门损伤：外伤、吞咽骨头、金属，肛门体温计，肛门镜检查等损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起。
3、肛门裂反复感染：肛门裂反复感染可并发皮下瘘。
4、会阴部手术：内痔注射误入肌层或手术后感染，产后会阴缝合后感染，前列腺、尿道手术后感染等，均可波及肛门直肠引起脓肿及瘘。
5、结核：既往报道结核病并发结核性肛瘘者甚多。高达26．9%，近年来明显下降为4%～10%。主要为吞咽结核菌引起，少数也可血行感染引起。
6、溃疡性大肠炎
7、克罗恩病伴发：克罗恩病伴发肛瘘者高达14%～76%。
8、直肠肛管癌：直肠肛管癌波及深部并发肛瘘。
9、血行感染：糖尿病、白血病、再生障碍性贫血等病，因机体抵抗力降低，常由血行感染引起肛瘘。
10、其他：淋巴肉芽肿，放射菌病，尾骶骨髓炎，直肠、乙状结肠憩室炎等也可引起肛门直肠脓肿及瘘。
